Wann und wie das Toggenburg nach der Völkerwanderung besiedelt wurde, weiss man nicht genau. Urkundlich werden in unseren Gegenden Hemberg im Jahre 877 und Wattwil im Jahre 897 erstmals im Zusammenhang mit dem Kloster St. Gallen erwähnt. Aus dem Jahre 912 stammt die erstmalige Erwähnung von Howart bei Kappel. Die älteste Urkunde, Kirche und Dorf Kappel betreffend, datiert aus dem Jahr 1218. Aber bereits der Name Kappel deutet darauf hin, dass dort schon sehr lange Zeit eine „Cappele“ stand. Unsere Kirche steht noch heute an der selben Stelle.

Im Gegensatz zu den meisten umliegenden Gebieten gehörte Kappel weder den Toggenburger Grafen noch dem Kloster St. Gallen, sondern dem Bischof von Konstanz. Anno 1218 tauschte Bischof Konrad II von Konstanz Kappel gegen den Hof Hiltisau und die Mühle zu Rindal gegen das Kloster Alt St. Johann. Die Benediktinermönche von St. Johann besorgten die Kirche zu Kappel fortan bis zum Jahr 1497.

Um 1400 hatte das Kloster St. Gallen die Oberhoheit über Kappel erreicht. 1436, nach dem Tod des letzten Toggenburger Grafen, wurde das Kloster ohnehin fast alleiniger Grundherr im Toggenburg.

1477 gründeten einige Bewohner von Kappel die Kirchgemeinde. Im Pfrundbrief vom 3. Februar 1505 wurde die Gründung bestätigt.

Bereits 1528 wurde gewaltsam die Reformation eingeführt. Bilder und Altäre wurden entfernt, der katholische Pfarrer musste fliehen. Die Urkunde von 1505 kam in den Besitz der Evangelischen. Die noch übrig gebliebenen Katholiken besuchten zeitweise den Gottesdienst in Wattwil.

Nach den Kappeler Kriegen wurde der Abt von St. Gallen erneut Landesherr im Toggenburg. Er liess 1595 wieder einen Altar errichten. Die Kirche wurde unter den Schutz des Erzengels Michael gestellt. Man vermutet, dass dies im Zusammenhang mit der Pest stand.

Anno 1615 baten die rund 50 Katholiken von Kappel den Abt erfolgreich um einen Pfarrer. Um die immer wieder auftretenden Unstimmigkeiten mit den Evangelischen zu beenden, wurde mittels einer Abkurungsurkunde aus dem Jahre 1650 Klarheit geschaffen. Der damalige Schlüssel von zwei Dritteln zu Lasten der Evangelischen und einem Drittel zu Lasten der Katholischen wird auch heute noch bei gemeinsamen Veranstaltungen eingehalten.

Bis zum Jahre 1823 fanden in ein und derselben Kirche evangelische wie auch katholische Gottesdienste statt. Danach überliessen die Evangelischen den Katholiken die Kirche und bauten ein neues Gotteshaus. Grossen Schaden nahm die katholische Kirche beim Dorfbrand von 1854. Die Urkunde von 1505 befand sich während des Unglückes im Besitz des Amtsträgers der Evangelischen Kirchgemeinde im Steinenbach und blieb unversehrt. Unter grossen Opfern wurde nach und nach die Kirche wieder aufgebaut. 1940/41 wurde die Michaelskirche um zwei Seitenschiffe erweitert, die neugotischen Altäre wurden entfernt und durch Neue aus dunklem Marmor ersetzt. In dieser Zeit wurde auch die Urkunde von 1505 in einem Estrich wieder entdeckt und der Evangelischen Kirchgemeinde übergeben

Nach dem Konzil wurde 1970 der Chor erneut umgebaut und die Nische mit der Marienstatue so gestaltet, wie wir sie heute vorfinden.

Seit dieser Zeit steht den Seelsorgern der Pfarreirat zur Seite, der die Anliegen der Gläubigen aufnimmt und zur Sprache bringt. Durch die eigenen Initiativen und Veranstaltungen, sowie durch die Koordination der sonstigen Aktivitäten trägt und prägt der Pfarreirat das Leben der Pfarrei.

In den Jahren 1989 bis 1991 wurde die Kirche einer weiteren, sanften Renovation unterzogen. Dabei wurden die Bänke und die Decke erneuert. Das 1940/41 von Jakob Häne erschaffene Altarbild wurde wieder enthüllt und aufgefrischt. Die vollständig neu erbaute Orgel konnte 1992 eingeweiht werden. 1991 entstand aufgrund des Priestermangels der Seelsorgeverband Ebnat-Kappel – Neu St. Johann.

2003 wurde das Pfarrhaus neben der Kirche vollständig saniert. Am 18. Januar 2004 erfolgte die Einweihung des Michaelshauses, wie das Pfarrhaus von diesem Tage an genannt wird.

Am 25. September 2005 wurde die Urkunde von 1505 anlässlich ihres Jubiläums in einem feierlichen Akt, verbunden mit einer historischen Ausstellung von den Evangelischen zur Hälfte in den Besitz der Katholischen Kirchgemeinde übergeben. 477 Jahre nach der Reformation gehört sie also wieder beiden Konfessionen. Sie lagert sicher in den Räumen des Stiftsarchives in St. Gallen.